Het MSC HagaZiekenhuis is een coöperatief waar alle 213 vrijgevestigde leden alsmede 177 loondiensters individueel lid zijn. Het hoogste orgaan binnen de coöperatie is de Algemene Ledenvergadering (ALV), die minstens eenmaal per jaar bijeenkomt. Het dagelijks bestuur, dat wordt aangesteld door de ALV, legt verantwoording af aan de ALV.
Het bestuur bestaat momenteel uit zes personen, te weten een voorzitter, vice-voorzitter, penningmeester en een algemene leden. Vrijgevestigde medisch specialisten zijn lid van de coöperatie via een persoonlijke holding. Alle leden maken deel uit van een vakgroep, die bestaan uit één of meer medisch specialisme(n). Vanuit de diverse vakgroepen worden gemandateerden, d.w.z. afgevaardigden, aangesteld om voor de vakgroep gesprekspartner te zijn van het MSC-bestuur. Tijdens zogenaamde gemandateerden-overleggen bespreekt het bestuur de diverse strategische, tactische en operationele zaken van het bestuur met de gemandateerden.